Nel 1872 venne fondata la Schweizerische Gesellschaft für Lokalbahnen (SGL) per costruire ferrovie locali e tranvie;[1] essa attivò il 12 aprile 1875 una relazione ferroviaria tra Winkeln (alla periferia di San Gallo, sulla ferrovia San Gallo-Winterthur) ed Herisau[2], dal successivo 12 settembre prolungata fino a Urnäsch[3]. Entrata in difficoltà finanziarie, la SGL vide l'ingresso di capitali appenzellesi[3] e nel 1885 cambiò ragione sociale in Appenzellerbahn-Gesellschaft (AB)[4] Il 16 agosto la linea fu prolungata fino a Gontenbad e il 29 ottobre 1886 fino ad Appenzello[5].
La costruzione nel 1910 della linea Bodensee-Toggenburg-Bahn creò una situazione conflittuale con la linea della AB nella tratta Herisau – Winkeln. Venne quindi realizzato un nuovo capolinea a Gossau in collegamento con la rete delle Ferrovie Federali Svizzere. Dal 1º ottobre 1913 entrò in funzione la nuova tratta sostitutiva Herisau – Gossau, sopprimendo la vecchia relazione Herisau – Winkeln[6].
Nel 1929 vennero introdotte automotrici Diesel[7]; la linea venne elettrificata a partire dal 22 aprile 1933[8]. Il 1º gennaio 1947 la Appenzellerbahn aumentò la propria rete con la tratta Appenzell-Weissbad-Wasserauen (AWW)[9], assorbita a seguito della legge federale del 1939 sull'aiuto alle ferrovie, che forniva aiuto finanziario alle stesse a condizione di una fusione tra società[10].
La linea parte dal 1913 dalla stazione di Gossau SG, comune alle linee FFS San Gallo-Winterthur e Sulgen-Gossau; si dirige quindi verso sud, scavalcando la Bodensee-Toggenburg-Bahn (BT) poco prima della stazione di Herisau. Sino al 1910 la stazione di Herisau era una stazione di testa, situata nel centro della città, e i treni diretti da Winkeln ad Appenzello dovevano effettuare un regresso[14]; con l'apertura della BT fu aperta una nuova stazione comune alle due linee (nell'area della vecchia stazione fu costruito un albergo)[15].
^Appenzeller-Bahn-Gesellschaft, in Foglio ufficiale svizzero di commercio, Berna, 14 dicembre 1988, p. 5094. URL consultato il 1º agosto 2023.
^Fermata attiva solo nei giorni di apertura dello skilift: Abfahrt Bahnhof Skilift Alpsteinblick (PDF), su appenzellerbahnen.ch. URL consultato il 7 agosto 2023.